De schoolleiding van het Mezzo Elzendaal Boxmeer bestaat uit de rector, locatiedirecteur en zes teamleiders. De rector is de eindverantwoordelijke schoolleider voor Mezzo Scholen. De locatiedirecteur is verantwoordelijk voor de aansturing van de vestiging in Boxmeer. Zij zorgen ervoor dat de ontwikkelingen in de onderwijskundige sectoren van alle vestigingen op elkaar zijn afgestemd.
De teamleiders zijn ieder verantwoordelijk voor een team. De conrector bedrijf is verantwoordelijk voor de aansturing van de bedrijfsmatige onderdelen van de school, die het onderwijs ondersteunen.